Lara Croft, célèbre aventurière britannique, est contactée, par l'intermédiaire de Larson, par Jacqueline Natla, la directrice de chez "Natla Technologies" pour retrouver un objet provenant de la mystérieuse Atlantide : le Scion ! Lara accepte de partir à la recherche de cet objet pour Natla, elle commence par se rendre au Pérou, à la recherche de la cité de Vilcabamba. Elle s'y débarrasse des loups, des ours, des chauves-souris, des raptors et d'un T-Rex pour accéder au tombeau de l'un des gardiens de l'Atlantide possédant un des morceaux du Scion : Qualopec.

Lara parvient à récupérer ce premier morceau du Scion, et sort du tombeau de Qualopec. A sa sortie, elle découvre que Larson, l'employé de Natla, l'attend armé et de pied ferme ! Après un court combat, Lara interroge Larson qui lui apprend que Pierre Dupont, un employé français de Natla, était déjà partit à la recherche du deuxième morceau du Scion. Lara comprend alors que Natla venait de se servir d'elle, elle décide alors de se rendre dans les bureaux de Natla Technologies où elle apprend que ce second morceau du Scion est caché quelque part en Grèce Antique. Direction la Grèce, au Monument St Francis. Dans ce monument, elle parvient au sommet d'une salle profonde, on trouve dans cette salle quatre portes inscrites d'un nom de dieux, chacune : Atlas, Damoclès, Héphaïstos  et Poséidon. Dans chacune de ces salles se trouve une clé. Lara récupère ces quatre clés et se rend au fin-fond de la grande salle, après avoir insérés lrd clés dans leur serrure, elle accède au Colosseum. Durant son aventure en Grèce, Lara affronte à plusieurs reprises, Pierre Dupont qui finit toujours pas fuir. Après avoir visité le Colisée, le temple de Midas ainsi que ses fabuleux jardins, Lara parvient finalement dans un nouveau sanctuaire, la tombe d'un autre gardien de l'Atlantide possédant également un morceau du Scion : Tihocan.

Maintenant que Lara est en possession de deux fragments du Scion, elle les assemble et lui apparaît une vison concernant l'Atlantide où l'on voit une explosion et le dernier morceau qui est projeté dans une caverne égyptienne. Lara se rend donc en Égypte à la recherche de ce dernier fragment. Là-bas, elle explore la cité de Khamoon, et parvient à arriver devant une grande porte qu'elle ne peut ouvrir qu'à l'aide des deux fragment du Scion déjà trouvé : la porte du Sanctuaire du Scion. Une fois à l'intérieur, elle trouve le dernier morceau du Scion, il ne reste plus qu'à ressortir. Mais Natla est déjà là, et accompagnée de ses fidèles hommes de main, ils lui prennent le Scion, ainsi que ses armes, avant que Natla ne donne l'ordre de la tuer. Lara parvient à s'échapper et saute dans la rivière. Elle récupère sa moto, se lance à la poursuite du Yacht de Natla et, par une splendide cascade, elle parvient à se rendre sur le bateau, qui lui, finit par arriver proche d'une île : l'Atlantide.

Pendant que Lara découvre les lieux, Natla installe le Scion dans un mécanisme créant une explosion sur l'île qui fait apparaître la pyramide atlante. Lara parvient à pénétrer dans cette pyramide et atteint le mécanisme où se trouve le Scion, en essayant de le prendre, une nouvelle vision lui parvient, on lui révêle cette fois que Natla n'est tout autre que l'ancienne reine de l'Atlantide, qui pendant qu'elle gouvernait aux côtés de Qualopec et Tihocan, a tenté de détourner le pouvoir de la relique, ce qui a engendré la perte de la mythique cité. Ses frères, Qualopec et Tihocan, l'enferment pour l'éternité dans une étrange prison (de glace), celle qui sera détruite par l'explosion nucléaire (en début de jeu). Alors que Lara reprend ses esprits, Natla arrive, elle explique qu'elle a relancé le mécanisme de création et que maintenant, plus rien ne pourrait l'empêcher d'atteindre son but. Ne voyant qu'une solution, Lara s'apprête à tirer sur le Scion, mais Natla se jette sur elle et tombent toutes deux dans le vide. Au cours de sa chute, Lara parvient à s'accrocher à une plateforme et doit tuer l'abomination géante de Natla. De retour au sommet de la pyramide, elle détruit le Scion, affronte Natla une dernière fois puis s'échappe rapidement hors de l'île qui explose derrière elle.